Documentaire d’animation, Waltz with Bashir est d’abord un récit autobiographique: en 1982, durant l’opération «Paix en Galilée», Ari Folman, 19 ans, fait son service militaire. Vingt-quatre ans plus tard, il croise un ami de cette époque qui lui parle d’un rêve étrange. Remonte alors un cauchemar auquel il n’est plus sûr d’avoir assisté: le massacre de Sabra et Chatila.

Sur le chemin qui mène au cimetière du village, une procession de femmes en noir affronte la chaleur du soleil, serrant contre elles les photos de leurs époux, leurs pères ou leurs fils. Certaines portent le voile, d’autres une croix, mais toutes partagent le même deuil, conséquence d’une guerre funeste et inutile.

Dans un institut de beauté de Beyrouth, cinq femmes se retrouvent se parlent et se confient. Layale aime Rabih, mais Rabih est marié. Nisrine est musulmane et son mariage prochain pose problème : elle n’est plus vierge. Rima est attirée par les femmes et vit au rythme des visites d’une belle cliente aux cheveux longs. Jamale refuse de vieillir. Rose a sacrifié sa vie pour s’occuper de sa sœur âgée.

A Beyrouth, de nos jours, une insulte qui dégénère conduit Toni (chrétien libanais) et Yasser (réfugié palestinien) devant les tribunaux. De blessures secrètes en révélations, l'affrontement des avocats porte le Liban au bord de l'explosion sociale mais oblige ces deux hommes à se regarder en face.

L’histoire d’une rencontre inattendue entre un réfugié palestinien de 12 ans et un pilote de chasse israélien dont l’avion se fait abattre au-dessus de Beyrouth en 1982. Leur méfiance initiale se transforme en amitié alors qu’ils traversent ensemble le Liban déchiré par la guerre au cours d’un voyage vers une terre qu’ils considèrent tous deux comme la leur.